Територия и релеф
Територията и от 5500 кв. км я нарежда на трето място по площ в страната, след Бургаска и Софийска област.
Релеф
Релефът на областта се характеризира с изключително разнообразие - от високопланински до котловинен. В нея се включват изцяло или отчасти най-високите планини в България – Рила, Пирин и Родопи, в които има територии с високопланински, среднопланински и предпланински релеф. Макар и с по-малка височина, но с планински релеф са и частите от останалите планини в границите на областта. По долините на реките Струма и Места са формирани редица котловини – Благоевградска, Симитлийско-Орановска, Санданско-Петричка, Разложка и Гоцеделчевска.
Климат
В зависимост от надморската височина, релефа и местоположението, териториите на областта попадат в три климатични области: преходноконтинентална (на север), преходносредиземноморска (на юг) и планинска област. Специфичните климатични условия и релеф формират климатичното разнообразие: на север – област с преходноконтинентален климат, на юг – преходносредиземноморски климат, а във високите части на планините – планински. Средиземноморското климатично влияние е изразено най-силно по долината на р. Струма и по-слабо в Гоцеделчевската котловина по долината на р. Места. Това създава условия за развитие и отглеждане на голям брой топлолюбиви средиземноморски растителни видове и култури, за разлика от останалите райони в страната.
Годишното разпределение на валежите е типично средиземноморско – с пролетен и есенен максимум в котловините и по ниските места и със зимен максимум във високите райони. Характерни за областта са летните засушавания, които в ниските части са продължителни.
Почви
Преобладаваща част от територията на областта е заета от канелените горски почви, подходящи за отглеждане на тютюн, лозя и овощни насаждения. Широко разпространени са и кафявите горски почви, които са заети от горски масиви и алувиалните и делувиални почви край реките, които са подходящи за зеленчукопроизводство. Най-високите части на планините са заети от планинско-ливадни почви, върху които са развити богати пасища.
Води
Водното богатство на Благоевградска област се формира от двете главни речни артерии Струма и Места и техните многобройни притоци – Благоевградска Бистрица, Лебница, Демяница, Пиринска Бистрица, Струмешница, Белишка река, Глазне, Канина, Туфча и мн. др., от карстови извори в Пирин и Славянка и над 160 циркусни езера в Пирин и Рила. Изключително природно богатство са минералните извори. Над 230 топли и студени минерални извори бликат на територията на областта. Общият им дебит представлява 40% от дебита на минералните извори в страната. Разположени в почти всеки район – Сандански, Марикостиново, “Рупите”, Кресна, Симитли, Благоевград, с. Огняново, гр. Добринище, Разлог – “Катарино”, Баня, Елешница и Якоруда, те са чудесна предпоставка за изграждане на мрежа от модерни лечебно-оздрави телни комплекси и плувни бази, за развитие на туризма като цяло.
Полезни изкопаеми
Многобройни и разнообразни са и откритите полезни изкопаеми на територията на Благоевградска област – гранити и мрамори в Пирин, Славянка и Родопите; гнайси, слюдени шисти и седиментни скали във Влахина и Малешевска планина; антимонови руди в с. Рибново; молибденови в с. Бабяк; железни руди в с. Долен; въглища в с. Ораново – Симитлийския въглищен басейн, при с. Брежани, при с. Сухострел, в долината на р. Канина и край гр. Разлог. Кизелгур има при с. Гърмен, флуорит – край с. Палат, азбест – в с. Коларово, мрамор – край селата Илинденци и Петрово.
Гори
Горският фонд в областта заема 346739 ха (58% от територията и). Делът му е предопределен от преобладаващия планински характер на релефа. Богатството му се формира от иглолистни (предимно от бял и черен бор) и широколистни гори (бук, дъб, топола, кестен и др.) и пасища. Горският фонд се простира на територията на 10 планини – Рила, Пирин, Родопи, Влахина, Малешевска, Осоговска, Беласица, Стъргаш, Славянка и Кожух. Сред тях са обособени два национални парка – “Пирин” и “Рила”, един природен парк – “Беласица”, десет природни резервата – “Баюви дупки – Джинджирица”, “Ореляк”, “Тисата” и “Юлен” в Пирин, “Парангалица” в Югозападна Рила, “Соколата” в Малешевска планина, “Конгура” в Беласица, “Алиботуш” в Славянка, “Тъмната гора” и “Конски дол” в Западни Родопи; 69 природни забележителности и четири защитени местности. Тези територии са характерни с богата флора и фауна и живописен релеф. В тях се срещат редки дървесни и тревни видове. Висшите растения са около 1400 вида, 58 от тях са лечебни, 51 вида са защитени, а 101 са включени в Червената книга на Р. България.
Освен защитените територии в Благоевградска област има 109402 ха гори, обособени като гори със специално предназначение.
Лесистостта на територията на горския фонд е висока (52,6%), което е около 1,7 пъти по-високо от средната за страната. По лесистост областта е на второ място в страната след област Смолян.
Богатата растителност и подходящите климатични условия са предпоставка за изключително богат и разнообразен животински свят – насекоми, влечуги, птици. Те са благоприятни и за развитието на популациите от различни видове дивеч – благородни елени, сърни, диви кози, муфлони, диви свини, мечки, глухари и др.
Управлението на горите в областта, тяхната охрана, проектирането на мероприятията и контролът върху дейностите на горските акционерни дружества, се осъществяват от РУГ и 17 Държавни лесничейства. Териториите на лесничействата са и обект на събиране на билки, диворастящи гъби и горски плодове. В тях се развива и ловен туризъм. Особен интерес за международния ловен туризъм представляват горските територии в землищата на Сатовча, Симитли, Разлог и Места.
Поземлен ресурс
Поземленият ресурс в областта е ограничен. Обработваемата земя заема едва 13,2% от общата и площ, което е само 2% от обработваемата земя на България. Благоприятните климатични условия са предпоставка за отглеждане на много топлолюбиви култури – ориенталски тютюни, ранни зеленчуци, праскови, лозя , фъстъци, сусам и др. В областта са застъпени и традиционни овощни видове, зърнени култури и картофи /в планинските и полупланински райони/.
Транспорт
Транспортно-комуникационната мрежа на областта е добре развита. През територията и минават главен път Е-79, международната ж. п. линия София – Кулата – Атина, част от теснолинейната ж. п. линия Септември – Добринище и автомобилни пътища от I, II, III и IV клас. Структурата и развитието и са определени от релефа на територията. Обособени са в основни направления – долините на Струма и Места, с напречни шосейни връзки: Симитли – “Предел” – Разлог и Катунци – “Попови ливади” – Гоце Делчев.
На територията на Благоевградска област са разположени 4 гранични контролно-пропускателни пункта: Станке Лисичково и Златарево – на границата с Р. Македия, Кулата и Илинден – на границата с Гърция. През областта минава и един от десетте международни транспортни коридора МТК№4.